某舰队两栖侦察兵正在训练场上练习格斗，雪亮的匕首和阵阵杀声吸引了舰队子弟学校的三个男孩为首的董海星翻墙而过，企图窃取匕首，结果被一个海军军官“俘获”。次日，白鸥老师向五年级二班的同学介绍新来的辅导员梁驰涛，董海星认出他原来就是那个“仇敌”。一天晚上，熄灯号吹过之后，五(2)班的男生宿舍里依旧灯火通明，一场“海战”正在激烈地进行。辅导员梁驰涛来到了“战场”，严厉地批评了这些违纪的“水兵”，受到处罚的董海星对梁驰涛更加不满了。董海星、谢潜和金宝贝是“特混舰队”的领袖，并自封为“将军”。一天，他们在鲨鱼礁附近无意听到一种奇特的声音，“小将军”们决定要查它个水落石出，并称此为“鲨鱼行动”。他们用小录音机录下了海底怪声，分析后认为是沉船发出的。上旗语课时，白老师将董海星的录音机没收了。梁驰涛仔细了解情况后把录音机还给了董海星，为此，三个“小将军”认为辅导员够意思，“仇恨”开始减退。一天，“小将军”们又一次来到鲨鱼礁，金宝贝自告奋勇潜入水中寻找沉船，却半天不见上来，董海星和谢潜急呼救命，梁驰涛闻讯赶来跳入海中，救出了金宝贝。一股敬仰之情在“小将军”的心里油然而生，梁驰涛也深深地爱上了这几个小捣蛋。由于把精力都花在了“鲨鱼行动”上，董海星在期中考试时“触礁”了，考场上他用旗语向金宝贝求救，被宁娜告发。董海星气坏了，三个“小将军”一起用一盆洗衣粉水“惩罚”了这个“女问谍”。在老师和辅导员的帮助下，“将军”们懂得了，一个真正的男子汉必须珍惜友情，有大海一样的胸怀。梁驰涛就要离开五(2)班去执行新的任务了，孩子们难过极了，他们费尽心思想要留住辅导员，但却无济于事。孩子们深情地唱着《水兵之歌》，送走了他们的舰长。授旗仪式开始了，五(2)班被授为“特混舰队”班，全班同学身穿水兵服威武地站在导弹驱逐舰上，“特混舰队”的蓝旗在桅杆上高高飘扬。
